Entre 1998 y 2001 participó en todas las ediciones de la Copa Mercosur, torneo oficial que reemplazó a la Supercopa, apenas llegando a cuartos de final en la mejor de las participaciones. En el nuevo campo en Avellaneda se organizó contra el Bristol Football Club, equipo uruguayo, un partido memorable ya que se trató del primer enfrentamiento internacional del club, en conmemoración por la inauguración de la nueva tribuna del estadio, y por dos grandes renovaciones del club; el club reformó su nombre como «Club Atlético Independiente» y vistió por primera vez su actual camiseta roja, por iniciativa del presidente Arístides Langone, camiseta de belgica mundial 2022 que se inspiró en el Nottingam Forest inglés.